A nível do aparelho reprodutor masculino, o muco mais espesso pode, logo no feto, provocar obstrução dos canais deferentes (canais que levam o esperma dos testículos para o pénis), nascendo a criança com ausência bilateral dos canais deferentes e, como tal, não fértil em 98%. No entanto, um doente do sexo masculino com FQ poderá ter filhos e ser pai biológico através de outros métodos, nomeadamente através de punção das vesículas seminais, recolha dos espermatozoides e fertilização in vitro.
No sexo feminino as ovulações são normais, mas dada a existência de condições adversas, observa-se uma diminuição da fertilidade por ciclos anovulatórios. A presença de muco cervical espesso que funciona como barreira aos espermatozóides é outro factor a contribuir para a diminuição da fertilidade.